O mais alto órgão legislativo do país foi criado em 1977, com a designação de Assembleia Popular (AP). Esta designação vigorou até 1990, altura em que passou a chamar-se Assembleia da República (AR).
Ao longo da sua existência, e em função das alterações da conjuntura política, económica e social do país, este órgão passou pelas fases seguintes:
Primeira Fase (1977-1986)
Neste período em que o Parlamento moçambicano se designava AP, vigorava o sistema monopartidário. Durante este período, a AP reuniu uma única vez (de 31 de Agosto a 1 de Setembro de 1977), com uma composição provisória de 207 Deputados escolhidos pelo Comité Central do Partido FRELIMO, tendo em vista a aprovação do quadro legal para as primeiras Eleições Gerais de 1977. Neste escrutínio foram eleitos 227 Deputados. Até 1986 a AP reunia-se duas vezes por ano em sessões ordinárias, de até 8 dias cada, sendo raras as sessões extraordinárias. Os Deputados não auferiam remuneração. Os trabalhos da AP decorriam em dois momentos principais: O primeiro acontecia nas Comissões de Trabalho (CT), com a participação de Deputados e convidados, onde se discutiam os projectos de lei e outras matérias de interesse nacionais e se introduziam as propostas de alterações necessárias. O segundo acontecia na sala das sessões plenárias e era um momento formal e cerimonial de aprovação das propostas apresentadas pelos Grupos de Trabalho, em regra por unanimidade. Até ao ano de 1983 o apoio técnico-administrativo era prestado por uma unidade que assistia simultaneamente a Assembleia Popular e o Conselho de Ministros, o Secretariado da Assembleia Popular e do Conselho de Ministros (SAPCM), uma unidade sob gestão do então Ministério de Estado na Presidência a quem competia organizar as sessões da AP e do Conselho de Ministros. No mesmo ano, o SAPCM veio a ser desagregado e a assistência à AP passou a ser feita pelo Secretariado Geral da Assembleia Popular (SGAP), uma estrutura reduzida, que se alargava no momento da preparação das sessões, com recurso a funcionários de vários serviços e voluntários que constituíam o Grupo de Organização das Sessões da Assembleia Popular (GOSAP). Aquando da criação da AP, foi também criada a Comissão Permanente da Assembleia Popular (CPAP), que tinha funções legislativas nos intervalos das sessões plenárias da AP, de acordo com a Constituição da República.
Segunda Fase (1986-1994)
Neste período ocorrem alterações de vulto na organização e funcionamento da AP. Em 1986 é criado o cargo de Presidente da Assembleia Popular (PAP), distinto do de Presidente da República e exercido por um Deputado eleito pela AP. Nesta fase, a Comissão Permanente da Assembleia Popular (CPAP) deixa de ter a prerrogativa de adoptar leis no intervalo entre as sessões. A duração das sessões da AP aumenta e passa a haver mais sessões extraordinárias. Três membros da Comissão Permanente passam a desempenhar as suas funções a tempo inteiro na AP, visando o apoio e assistência ao Presidente. Em 1987, os procedimentos da AP são ajustados em função das alterações constitucionais de 1986, através do Regulamento Interno aprovado pela Resolução nº 10/87, de 21 de Setembro. O SGAP é profissionalizado e reestruturado. Em 1988 é aprovado o Estatuto Orgânico do Secretariado-Geral da Assembleia Popular pela Comissão de Administração Estatal (CAE), e, através do despacho do PAP, é aprovado o Regulamento das Carreiras Profissionais do SGAP. Com a aprovação da Constituição da República de 1990, o SGAP passa a designar-se Secretariado Geral da Assembleia da República (SGAR) e em 1993 é aprovado o quadro de pessoal do SGAR e dos Secretariados das extintas Assembleias Provinciais.
Terceira Fase (1994-2012)
Este período é caracterizado pela realização das primeiras Eleições Gerais e multipartidárias de 1994, como resultado da Constituição da República de 1990. Neste sufrágio, que na ordem cronológica constituiu a IV Legislatura (1994 a 1999), foram eleitos 250 deputados, integrando três Bancadas Parlamentares, a Frelimo com 129 deputados, a Renamo com 112 e a União Democrática – UD, com 9. Em 1999 tiveram lugar as segundas Eleições Gerais multipartidárias, que inauguraram a V Legislatura que funcionou até 2004. O parlamento era constituído por duas Bancadas Parlamentares, sendo da Frelimo com 133 deputados e da Renamo-União Eleitoral com 117. A VI Legislatura, que resultou das terceiras Eleições Gerais e multipartidárias de 2004, funcionou até 2009. O parlamento continuou a ser constituído por duas Bancadas Parlamentares: a Frelimo e a Renamo com 160 e 90 deputados, respectivamente. A VII Legislatura (2009 – 2014), resultou das quartas Eleições Gerais e multipartidárias. O parlamento é constituído por três Bancadas Parlamentares, sendo a Frelimo com 191 deputados, a Renamo com 51 e o Movimento Democrático de Moçambique (MDM) com 8. Através da Lei nº. 3/2010, de 27 de Abril, a Assembleia da República revogou o nº 2 do artigo 39, da Lei nº. 17/2007, de 18 de Julho, relativa ao Regimento da Assembleia da República, que previa um mínimo de 11 deputados para constituição de uma Bancada, passando para 2 deputados, com o intuito de garantir maior expressão democrática e igualdade de tratamento dos partidos ou coligações de partidos com assento parlamentar.